The present invention relates to methods for modulating the intestinal microbiota by administering one or more defensins and/or GLP-1/GLP-1 analogs and methods for prevention or treatment of gut inflammation by oral administration of one or more defensins. GLP-1 analogs such as Liraglutide, as well as mammalian and poultry alfa and beta defensins can cause a change in the composition of the microbiota and metabolome in the intestine and can therefore be used to treat or prevent gut inflammation, colorectal cancer, metabolic syndrome, obesity, prediabetes and diabetes or as lean growth promoters in the meat production.La présente invention concerne des procédés de modulation du microbiote intestinal par administration d'une ou plusieurs défensines et/ou GLP-1/analogues de GLP-1 et des procédés de prévention ou de traitement de l'inflammation intestinale par administration orale d'une ou plusieurs défensines. Des analogues de GLP-1 tels que le liraglutide, ainsi que des alpha et bêta-défensines de mammifère et de volaille peuvent causer un changement de la composition du microbiote et du métabolome dans l'intestin et, par conséquent, peuvent être utilisés pour traiter ou prévenir l'inflammation intestinale, le cancer, le syndrome métabolique, l'obésité, le prédiabète et le diabète ou en tant que promoteurs de croissance de tissu maigre dans la production de viande.