本发明属于油菜分子育种技术领域,具体涉及一种与甘蓝型油菜亚麻酸含量紧密连锁的共显性SNP分子标记的制备,及其作为标记在辅助选择低亚麻酸甘蓝型油菜中的应用。用引物扩增低亚麻酸甘蓝型油菜品系甲A254和高亚麻酸甘蓝型油菜品系甲A177基因组DNA,分别得到两个DNA扩增片段,然后对所述4个DNA扩增片段进行克隆、测序、核苷酸序列比对;根据序列的差异,将正向引物和反向引物的3’端的第2个碱基同时进行错配处理,设计了引物对YQ-fad32-1和YQ-fad32-2。将引物对YQ-fad32-1和YQ-fad32-2进行PCR扩增,PCR扩增和群体检测效果分析,进而得到与甘蓝型油菜低亚麻酸基因连锁的共显性SNP分子标记,本发明的为油菜分子育种提供了一种新标记,其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:7和8所示。