本发明属于油菜分子育种领域,涉及与甘蓝型油菜芥酸含量紧密连锁的共显性SNP分子标记,其制备方法及在辅助选择低芥酸甘蓝型油菜的应用。用引物扩增低芥酸甘蓝型油菜和高芥酸甘蓝型油菜基因组DNA,得到2个DNA扩增片段,然后对所述DNA片段克隆、测序和序列比对;根据SEQ ID NO:1和2中存在的突变位点845C→845T的单核苷酸多态性,利用正反向引物的3’端的第2个碱基同时进行错配处理,根据SEQ ID NO:3和4的序列差异,设计引物对。将所述引物对进行PCR扩增验证,群体检测效果分析检验,获得与甘蓝型油菜低芥酸基因连锁的共显性SNP分子标记。本发明可应用于甘蓝型油菜SNP多态性标记的开发及检测,利用正反向引物同时错配在异源多倍体作物如甘蓝型油菜中开发出SNP标记。