本发明涉及一种基于番茄黄化曲叶病毒病抗病基因Ty-3的InDel标记,该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。本发明还涉及一种扩增基于番茄黄化曲叶病毒病抗性基因Ty-3的InDel标记的引物对,该引物对序列如下:正向引物序列:5’-TGCAGGAACAGAATGATAGAAAA-3’;反向引物序列:5’-GCTCAGCATCACCTGAGACA-3’。本发明的分子标记完全基于番茄黄化曲叶病毒病抗性基因Ty-3。本发明开发出基于黄化曲叶病毒病抗性基因Ty-3的InDel标记,该标记完全基于抗性基因Ty-3,与Ty-3基因完全连锁,为共显性分子标记。将该标记用于黄化曲叶病毒病抗性基因Ty-3的分子标记辅助选择,可大幅提高选择的准确性,缩短育种年限,从而加速育种进程。