本发明涉及一种基于番茄黄化曲叶病毒病抗病基因Ty-3的CAPS分子标记，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。本发明还提供了一种扩增基于番茄黄化曲叶病毒病抗性基因Ty-3的CAPS标记的引物对，该引物对序列如下：正向引物序列：5’-TTGCCACATTAAGCAGAACG-3’；反向引物序列：5’-TGACGGTCATTGAATGTGCT-3’。该标记是一个基于PCR技术的共显性标记，跟RFLP、AFLP等标记相比，可显著降低成本，节省劳力。另外，该标记完全基于抗病基因Ty-3，与Ty-3基因共分离，用其检测不存在假阳性问题。将该标记应用于苗期选择，不仅可以减少工作量，而且能够避免因接种不充分难以准确筛选出具有抗病基因的个体植株，从而加速育种进程。
