The present invention provides for pharmaceutical compositions comprising pancreatic enzyme preparations (PEPs) with viral infectivity reduced below significant levels and having high enzymatic activity. The PEPs can comprise lipases, proteases, amylases, non-enveloped viruses (e.g., porcine parvovirus (PPV), porcine circovirus type 2 (PCV-2), porcine encephalomyocarditis virus (EMCV)), and enveloped viruses (e.g., vesicular stomatitis virus (VSV), and influenza A (IFA)). The present invention also includes methods of treating pancreatic insufficiency by administering these pharmaceutical compositions and methods of making the same by treating the PEP with beta-propiolactone (BPL) to reduce viral infectivity.본 발명은 바이러스 감염가가 상당한 수준 아래로 감소되고 높은 효소 활성을 나타내는 췌장 효소 제제(PEP)를 포함하는 제약 조성물을 제공한다. PEP는 리파아제, 프로테아제, 아밀라아제, 외피 비보유 바이러스(예를 들어, 돼지 파보바이러스(PPV), 돼지 써코바이러스 2형(PCV-2), 돼지 뇌심근염바이러스(EMCV)) 및 외피 보유 바이러스(예를 들어, 수포성 구내염 바이러스(VSV)와 인플루엔자 A(IFA))를 포함할 수 있다. 본 발명은 또한 이러한 제약 조성물을 투여함으로써 췌장 분비 부전증을 치료하는 방법과 바이러스 감염가를 감소시키기 위해 PEP를 베타-프로피오락톤(BPL)으로 처리하여 상기 제약 조성물을 제조하는 방법도 제공한다.