PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a method for producing an oligonucleotide having a phosphodiester structure and phosphotriester structure, applicable also to an oligonucleotide automatic synthesizer.SOLUTION: An oligonucleotide synthesizing method using phosphoamidide technique comprises the following procedure: at least two lineages of phosphoamidide compounds differing in protecting group bound to a phosphite site are used as one lineage of phosphoamidide compound, such a compound with a phosphite protecting group being a substituent having a dioxolenone skeleton thereby, in the iodine oxidation step in the procedure of synthesizing the oligonucleotide by the phosphoamidide technique, only the phosphoric acid derived from the lineage of phosphoamidide compound is deprotected into a phosphodiester structure, while the other lineage of phosphoric acid derived from phosphoamidide compound is not deprotected and turned into a phosphotriester structure.COPYRIGHT: (C)2014,JPO&INPIT【課題】オリゴヌクレオチドの自動合成機にも適用可能であり、ホスホジエステル構造とホスホトリエステル構造とを備えたオリゴヌクレオチドの製造方法を提供すること。【解決手段】ホスホアミダイド法によるオリゴヌクレオチドの合成手順において、亜リン酸部位に結合された保護基の異なる少なくとも二系統のホスホアミダイド化合物を使用し、その一の系統のホスホアミダイド化合物として亜リン酸保護基がジオキソレノン骨格を有する置換基であるものを使用する。これにより、ホスホアミダイド法によるオリゴヌクレオチドの合成手順におけるヨウ素酸化工程で、上記一の系統のホスホアミダイド化合物由来のリン酸のみが脱保護されてホスホジエステル構造となり、他の系統のホスホアミダイド化合物由来のリン酸は脱保護を受けずにホスホトリエステル構造となる。【選択図】図1
