The present invention relates to: a Bacillus subtilis EE5 strain producing a polyamine-rich natto; a culture obtained by fermentation using the same; and a method for producing polyamines using the same. The Bacillus subtilis EE5 strain of the present invention can be usefully used as a means for economically and efficiently providing a highly-functional polyamine-containing functional natto in the field in which a polyamine-containing functional food is required.본 발명은 폴리아민 고함유 낫토를 생산하는 바실러스 서브틸리스 EE5 균주, 이를 이용하여 발효시킨 배양물 및 이를 이용한 폴리아민의 제조방법을 제공한다.본 발명의 바실러스 서브틸리스 EE5 균주는 폴리아민 고함유 기능성 식품이 필요한 분야에서 기호성 높은 폴리아민 고함유 기능성 낫토를 경제적이고 효율적으로 제공할 수 있는 수단으로 유용하게 사용될 수 있다.