The invention relates to methods for the screening, identification and/or application of microorganisms of use in imparting beneficial properties to plants. In one embodiment, the method involves subjecting one or more plants to a growth medium in the presence of a set of microorganisms, selecting one or more plant, acquiring one or more microorganisms associated with the selected plant(s) and repeating the process one or more times. The method further involves the step of subjecting the one or more microorganisms to a conditioning and/or directed evolution process.Cette invention concerne des procédés de criblage, d'identification et/ou d'application de micro-organismes pour conférer des propriétés bénéfiques à des plantes. Dans un mode de réalisation, le procédé implique la soumission d'une ou de plusieurs plantes à un milieu de croissance en présence d'un ensemble de micro-organismes, la sélection d'une ou de plusieurs plantes, l'acquisition d'un ou de plusieurs micro-organismes associés à la plante ou aux plantes sélectionnée(s) et la répétition du procédé une ou plusieurs fois. Le procédé implique en outre l'étape de soumission du ou des micro-organismes à un procédé de conditionnement et/ou d'évolution dirigée.