本发明提供一种检测黄牛SH3PXD2B基因插入/缺失标记的方法:以待检黄牛全基因组DNA为模板,以引物对P1、P2为引物,分别PCR扩增黄牛个体SH3PXD2B基因部分片段,通过电泳检测PCR扩增产物,根据电泳检测结果分别判定黄牛个体SH3PXD2B基因上两个插入/缺失突变位点的基因型;本发明根据检测到的SH3PXD2B基因indel突变位点NC_007318.6 g.4071212‑4071213 ins AGGAGTGGGTACC、g.4088290‑4088299 del TGTGGCCACA)的基因型,可应用于黄牛的分子标记辅助选择中,从而加快生长性状优良的地方黄牛种群的建立。