The present invention relates to a nanovesicle composition containing propolis and a manufacturing method thereof and, more specifically, a nanovesicle composition containing propolis which is made by mixing of: a first composition composed of PEG-5 Rapeseed sterol, Ceteth-3, Cholesterol, and Potassium Cetyl Phosphate; a preparatory composition composed of propolis, hydrogenated lecithin, and 1,3-Butylene Glycol; a second composition composed of EDTA-2Na (Ethylenediaminetetraacetic Acid-disodium Salt), glycerin, Propylene glycol, and D.I-Water; and a third composition composed of macadamia nut oil and Caprylyl glycol and a manufacturing method of the nanovesicle composition containing propolis. [Reference numerals] (AA) Preparatory composition;(BB) Second composition;(CC,EE) Dissolving completely (70°;C~75°;C);(DD) Mixing;(FF) Adding (70°;C~75°;C);(S10) First compound;(S30) Third compound;(S40) First emulsifying HOMO MIXER : 6,000 rpm Time : 5 min;(S50) M/F twice (800bar);(S60) Cooling;(S70) Maturing본 발명은 프로폴리스 함유 나노베시클 조성물 및 이의 제조방법에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 피이지-5 레이프씨드 스테롤, 세테스-3, 콜레스테롤, 포타슘 세틸 포스페이트의 혼합으로 조성된 제1조성물과, 프로폴리스, 하이드로제네이티드 레시친, 1,3-부틸렌 글리콜의 혼합으로 조성된 예비조성물; 이디티에이 이엔에이; 글리세린; 프로필렌 글리콜; 순수물(D.I-Water)의 혼합으로 조성된 제2조성물과, 마카다미아 넛 오일, 카프릴릴 글리콜의 혼합으로 조성된 제3조성물의 혼합으로 조성된 나노베시클 조성물 및 이의 제조방법에 관한 것이다.