本发明公开了鉴定或辅助鉴定番茄抗晚疫病性状的方法及其专用分子标记和引物。该方法包括以待鉴定番茄的基因组DNA为模板,用R2M1S进行PCR扩增得到R2M1S的PCR扩增产物;检测所述R2M1S的PCR扩增产物的序列,按照下述方法确定所述待鉴定番茄的抗晚疫病性状:如果所述待鉴定番茄的所述R2M1S的PCR扩增产物含有SEQ ID No.3的DNA片段,所述待鉴定番茄为抗晚疫病番茄;如果所述待鉴定番茄的所述R2M1S的PCR扩增产物不含有SEQ ID No.3的DNA片段,所述待鉴定番茄为非抗晚疫病番茄;所述R2M1S由SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的单链DNA组成。