Disclosed are methods, apparatus and systems for the screening, analysis and selection of microorganisms from complex heterogeneous communities, prediction and identification of their functional relationships and interactions, and synthesis of microbial ensembles based thereon. Also disclosed are methods for identifying and measuring the absolute cell number of microbial types and strains as well as identifying network relationships between active microorganisms and environmental parameters. In one aspect of the present disclosure, a method is disclosed for identifying an active microorganism from a plurality of samples, analyzing the identified microorganism using at least one metadata, and generating an ensemble of microorganisms based on the analysis.BACKGROUND OF THE INVENTION複雑な異種群集からの微生物のスクリーニング、解析及び選択、それらの機能的関係及び相互作用の予測及び同定、ならびにそれらに基づく微生物アンサンブルの合成のための方法、装置、及びシステムを開示する。活性微生物と環境パラメータとの間のネットワーク関係性を同定するとともに、微生物型及び株の絶対細胞数を同定及び測定するための方法も開示する。本開示の一態様では、複数の試料から活性微生物を同定し、同定した微生物を少なくとも1つのメタデータを用いて解析し、解析に基づいて微生物のアンサンブルを作製する方法を開示する。【選択図】図1A