本发明属于水产养殖技术领域,具体涉及一种草鱼Fibulin4蛋白结合多肽及其在抗病毒中的应用,特别是其在制备抗草鱼呼肠孤病毒Ⅲ型(GCRV104)药物中的用途,GCRV104外衣壳蛋白VP55与草鱼蛋白Fibulin4相互作用位点的氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示,基于该位点合成草鱼Fibulin4蛋白结合多肽的核酸序列如SEQ ID NO:3所示、氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示。本发明通过体外细胞水平进行抗病毒实验验证合成多肽用于防治草鱼呼肠孤病毒Ⅲ型的可靠性,不仅对于GCRV104与草鱼蛋白互作机制研究提供重要参考,同时对于水产防治GCRV104的应用方面具有重要价值。