PURPOSE: Processed cheese containing omega 3 fatty acid and a manufacturing method thereof are provided to restrict greasy taste of the cheese by mixing the additives at a proper rate, and to improve preference of the chesses using an optimized content of the omega 3 fatty acid. CONSTITUTION: Processed cheese contains omega 3 fatty acid produced from marine microorganism. A manufacturing method of the processed cheese containing the omega 3 fatty acid comprises a step for adding the omega 3 fatty acid produced from the marine microorganism in ingredients, a step for mixing one or more chesses such as Mozzarella or Cheddar with refined water, sodium caseinate, butter etc with the ingredients, and a step for solidifying and agitating the mixed additives in 80-90°;C.본 발명은 오메가3 지방산을 함유한 가공치즈 및 이의 제조방법에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 본 발명은 해양미생물로부터 생산된 오메가3 지방산을 함유하는 가공치즈 및 해양미생물로부터 생산된 오메가3 지방산을 첨가하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 오메가3 지방산을 함유하는 가공치즈의 제조방법에 관한 것이다.본 발명에 의한 해양미생물로부터 생산된 오메가3 지방산을 함유한 가공치즈는 관능성에 있어서 관능한계치를 상회한 우수한 관능특성을 나타내어 소비자의 기호도에 따라 피자용, 조리용 및 간식용 재료 등에 이용할 수 있고, 특히 특유의 향기와 맛으로 인해 치즈의 느끼한 맛을 최대한 억제함으로써 한국인의 입맛에 적합한 치즈를 제조하여 국제경쟁력을 높임과 동시에 수입억제 효과를 얻을 수 있다.