Disclosed herein is a system and methods for determining the alleles, neoantigens, and vaccine composition as determined on the basis of an individual's tumor mutations. Also disclosed are systems and methods for obtaining high quality sequencing data from a tumor. Further, described herein are systems and methods for identifying somatic changes in polymorphic genome data. Further, described herein are systems and methods for selecting a subset of patients for treatment. A utility score indicating an estimated number of neoantigens presented on the surface of tumor cells is determined for each patient based on one or more neoantigen candidates identified for the patient. The subset of patients are selected based on the determined utility scores. The selected subset of patients can receive treatment, such as neoantigen vaccines or checkpoint inhibitor therapy. Finally, described herein are unique cancer vaccines.L'invention concerne un système et des procédés pour déterminer des allèles, des néo-antigènes et une composition de vaccin tels que déterminés sur la base de mutations tumorales d'un individu. L'invention concerne également des systèmes et des procédés permettant d'obtenir des données de séquençage de haute qualité à partir d'une tumeur. En outre, la présente invention concerne des systèmes et des procédés pour identifier des changements somatiques dans les données génomiques polymorphiques. En outre, l'invention concerne des systèmes et des procédés pour sélectionner un sous-ensemble de patients pour un traitement. Un score d'utilité indiquant un nombre estimé de néo-antigènes présents sur la surface de cellules tumorales est déterminé pour chaque patient sur la base d'un ou de plusieurs néo-antigènes candidats identifiés pour le patient. Le sous-ensemble de patients est sélectionné sur la base des scores d'utilité déterminés. Le sous-ensemble sélectionné de patients peut recevoir un traitement, tel qu'un vaccin à néo-antigène ou une thérapie par inhibiteur
