本发明公开了一种橡胶树多酚氧化酶、其编码基因及应用。该基因无内含子,其cDNA序列长度约为1869 bp,具有序列表中SEQ ID NO: 1的序列,命名为HbPPO2。HbPPO2编码592个氨基酸,具有序列表中SEQ ID NO: 2的序列,其分子量为67 kDa,等电点为6.66,带电荷数为-0.41,酸性蛋白;该酶至少存在于芽、叶片、种子、愈伤及悬浮细胞中,且蛋白水平至少受病原物侵染和机械损伤所诱导。该酶或其衍生蛋白至少可用于食品和工业领域中漂白或氧化有色物质;利用该基因的部分或全部序列反义表达至少可抑制橡胶树组培中的褐化现象;利用该基因所获得的功能性衍生基因过量表达至少可提高橡胶树的抗病虫能力。