本发明公开了一种橡胶树乳管表达的多酚氧化酶、其编码基因及应用。该多酚氧化酶基因可在橡胶树的乳管细胞中表达,具有序列表中SEQ ID NO:1的序列,命名为HbPPO1。HbPPO1编码600个氨基酸,具有序列表中SEQ ID NO:2的序列,其分子量约为68kDa,等电点约为8.45,带电荷数约为7.96,碱性蛋白;该酶或其衍生蛋白至少可用于食品和工业领域中漂白或氧化有色物质;利用该基因的部分或全部序列反义表达至少可抑制橡胶树组培中的褐化现象以及延长橡胶树的排胶时间,从而提高橡胶产量;利用该基因或经过一个或几个碱基对的替代和/或插入和/或缺失而获得的功能性衍生基因过量表达至少可以提高橡胶树的抗病虫能力。