A mixed mode chromatography method for separating correctly folded from incorrectly folded conformations of a given protein is provided. The method is highly effective in separating correctly folded etanercept from incorrectly folded etanercept and aggregates in commercially attractive yields capable of affording etanercept preparations having very high purity in terms of correctly folded etanercept versus incorrectly folded etanercept. The invention is further directed to protein preparations and formulations comprising correctly folded proteins obtained using the present methods, and methods of treatment using the high purity preparations obtained from the mixed mode method.Se proporciona un método cromatográfico de modo mixto para separar correctamente de conformaciones correctamente plegadas de las incorrectamente plegadas de una determinada proteína; el método es altamente efectivo para separar etanercept correctamente plegado de etanercept incorrectamente plegado y agregados con rendimientos comercialmente atractivos capaces de producir preparaciones etanercept con muy alta pureza en términos de etanercept correctamente plegado contra etanercept incorrectamente plegado; la invención además se refiere a preparaciones de proteínas y formulaciones que comprende las proteínas correctamente plegadas obtenidas mediante los métodos actuales y los métodos de tratamiento con las preparaciones de alta pureza obtenidas por el método de modo mixto.