本发明公开了一种快速、高效的JAK2激酶抑制剂虚拟筛选方法,包括如下步骤:1)、下载农业真菌JAK2激酶的氨基酸序列,然后,从Protein data bank中获取农业真菌JAK2激酶的同源蛋白,并通过同源模建构建农业真菌的JAK2激酶的三维结构,最后,依据Protein data bank晶体结构中的抑制剂确定分子对接活性口袋;2)、根据设定的活性口袋,利用分子对接程序,对小分子化合物库中的分子进行对接打分;3)、根据对接打分结果进行排序,初步筛选出与农业真菌的JAK2激酶结合好的先导化合物。利用上述方法筛选得到的活性成分为具有杀菌活性的JAK2激酶抑制剂,能用于防治农业病原菌。