A method for manufacturing a functional food composition comprises: the step of preparing at least one first main material selected among pine needles, pine cone and pine shoot, a second main material of dried mugwort and a third main material of dried kudzu the primary fermentation step, as the step of fermenting the first to third prepared main materials, of adding at least one naturally fermented promoter selected from honey, sugar and oligosaccharide and fermenting the mixture the step of extracting a fermented solution as an undiluted solution as the step of separating solid ingredients and the fermented solution after the primary fermentation step and the step of secondarily fermenting the extracted undiluted solution. According to the present invention, a functional food composition capable of maximally maintaining efficacy of main ingredients can be provided.본 발명의 기능성 식품 조성물의 제조 방법은, 솔잎, 솔방울 및 솔순 중 선택되는 적어도 하나 이상의 제 1 주재료와, 건조된 쑥의 제 2 주재료와, 건조된 칡의 제 3 주재료를 준비하는 단계와, 상기의 준비된 제 1 내지 제 3 주재료를 발효시키는 단계로서, 꿀, 설탕 및 올리고당에서 선택되는 적어도 하나 이상의 자연발효 촉진제를 첨가하여 발효시키는 1차 발효 단계와, 상기의 제 1 발효 단계 이후에, 건더기와 발효액을 분리하는 단계로서, 상기 발효액을 원액으로서 추출하는 단계와, 상기의 추출된 원액에 대하여 2차 발효하는 단계를 포함한다.
