一种β-葡萄糖苷酶基因的克隆、表达及用于龙胆低聚糖的制备,属于酶基因工程和酶工程领域。本发明由黑曲霉WX-07总RNA逆转录合成β-葡萄糖苷酶基因(bgl)SEQ ID NO:1,bgl的cDNA以质粒pPIC9K为表达载体,以毕赤酵母(P.pastoris)为表达宿主,实现bgl基因在胞外的可溶性表达;bgl的cDNA全长2523个核苷酸,编码841个氨基酸,构建的bgl/pPIC9K转化P.pastoris KM71可表达BGL酶。BGL酶具有转糖苷活性,能将葡萄糖转糖苷生成龙胆低聚糖。优化酶法制备龙胆低聚糖的工艺,并利用阳离子树脂进行分离精制,达到较好效果。制得的龙胆低聚糖产品作为功能性食品配料,具有低热量,低龋齿,整肠等生理功能。本发明为龙胆低聚糖的制备提供了具有商业化价值的新途径。