本发明公开了一种栽培稻种间杂种不育基因S1及其应用。所述S1基因包括两个等位基因S1-j和S1-g;S1-j的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,S1-g的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明通过图位克隆的方法,首先开发出了适合S1基因定位的多个分子标记,构建出了适合定位的超大定位群体,对栽培稻种间杂种不育基因S1进行了定位克隆,获得了候选基因ORF12,并进一步测定了杂种双亲S1等位基因各自的全长序列,发现杂种双亲的S1基因即表现出了等位相似性又表现出杂种不育性状原由的差异性。本发明的S1基因为国内首个克隆到的水稻的种间杂种不育基因,将为解决水稻种间杂种雌雄不育问题,指导水稻育种,进一步提高水稻产量提供坚实的理论基础。