장기지속성 항균 또는 항바이오파울링 성능을 나타내는 나노구조 복합체 및 그 제조방법이 개시된다. 상기 나노구조 복합체는 기공체-위성 나노입자 복합체를 감싸는 친수성 또는 양쪽성(내층)/친유성(외층) 이중의 기공체 나노쉘 구조를 갖춤으로써, 복합체 내부에 봉입되는 위성 나노입자의 양을 극대화하고, 위성 나노입자로부터 복합체 표면까지의 거리를 균일하게 제어하고, 복합체로부터 위성 나노입자 자체의 이탈을 방지함으로써, 장기간 유효한 즉, 장기지속성의 항균 또는 항-바이오파울링 성능을 나타낼 수 있다.