本发明公开了一种日本血吸虫含鞘脂激活蛋白B结构域蛋白(SjSap)重组抗原蛋白,具有SEQ ID NO.2所示氨基酸序列的蛋白、或由该蛋白发生一个或多个氨基酸的置换、缺失或插入而形成的具有相同功能的蛋白。此外,本发明还公开了该日本血吸虫SjSap重组抗原蛋白的制备方法,包括日本血吸虫SjSap基因序列的扩增、日本血吸虫SjSap重组质粒的构建和鉴定、重组蛋白的诱导表达和纯化等步骤。此外,本发明还公开了该日本血吸虫SjSap重组抗原蛋白在检测日本血吸虫病人血清抗体中的应用。经过酶联免疫吸附试验(ELISA)的验证,本发明的日本血吸虫SjSap重组抗原蛋白用于日本血吸虫病的诊断具有较高的敏感性和特异性,是潜在的诊断候选靶标,可以作为日本血吸虫病诊断的目的抗原。