本发明公开了一种日本血吸虫SjCTRL重组抗原蛋白(chymotrypsin-like protease,SjCTRL),具有SEQ ID NO.2所示氨基酸序列的蛋白、或由该蛋白发生一个或多个氨基酸的置换、缺失或插入而形成的具有相同功能的蛋白。此外,本发明还公开了该重组抗原蛋白的制备方法,包括日本血吸虫胰凝乳蛋白酶样重组蛋白的去除跨膜结构的基因序列的扩增、重组质粒的构建和鉴定、重组蛋白的诱导表达和纯化等步骤;评估了该重组抗原蛋白在小鼠抗血吸虫感染中的免疫保护力。初步探明该重组抗原蛋白可一定程度上减少感染日本血吸虫的C57BL/6小鼠的成虫数和肝脏虫卵数,可作为潜在抗血吸虫疫苗靶点。