The selected from the DNA molecule by intrachromosomal recombination between the DNA sequences that are the same direction two iterations using the double strand breaks induced DNA endonuclease rare cleaving expressed under the control of a microspore-specific promoter method for removing exactly the sub-fragments is described. This method can be applied to a method for exchanging exactly the DNA fragment of interest and target DNA fragments in plants and plant cells.小胞子特異的プロモーターのコントロール下に発現されたレアクリービング二本鎖切断誘導DNAエンドヌクレアーゼを使用して2つの同方向反復しているDNA配列の間で染色体内組換えによりDNA分子からの選ばれたサブフラグメントを正確に除去するための方法が記載される。この方法は、植物細胞および植物内でターゲットDNAフラグメントを関心のあるDNAフラグメントと正確に交換するための方法に適用することができる。