本发明公开了大豆百粒重主效QTL的分子标记InDeL_33及其应用。本发明大豆百粒重主效QTL位点位于大豆第11号染色体Gm11:2261898bp-6577664bp;所述分子标记InDel_33的上游引物序列为Seq ID NO.1,下游引物序列为Seq ID NO.2。在构建的次级群体中,以待测F2单株基因组DNA为模板,InDel_33引物对进行PCR扩增,检测扩增产物,扩增产物中具有一个大小为120bp特异DNA片段的待测材料为候选的小粒大豆材料。利用本发明的分子标记可以简便快捷的筛选大粒、小粒大豆材料,可以加快小粒大豆育种进程。