本发明公开了一种辅助鉴定大豆百粒重性状的分子标记HNUSOY05及其应用,属于作物遗传育种技术领域。该分子标记表现为SEQ ID NO.1所示核苷酸序列在大豆11号染色体的1001963至1002153区间内插入/缺失长度多态性;具有SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的大豆表现为高百粒重;缺失SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的大豆表现为低百粒重。该分子标记以及鉴定方法能够用于大豆选育,尤其是用于辅助鉴定、筛选大豆的百粒重性状。该方法操作简单、费用低、精确度高,可实现快速检测,将极大地提高了大豆百粒重性状的选育效率,在高产大豆品种的培育过程中具有重要应用价值。