Provided are an endoscope system, a processing device of the endoscope system, and a method for operating the endoscope system which can improve brightness and S/N ratio of a normal observation image obtained during a special observation mode. During the special observation mode, after a first illumination light is emitted, a portion of a plurality of pixel rows of an imaging element (39) is collectively reset. The illumination light is switched from the first illumination light to a second illumination light and after the second illumination light is emitted, the light is turned off. During this light-off time, signal readout is performed from all pixel rows sequentially. An image processing unit (44) generates a normal observation image on the basis of a first imaging signal read out from the pixel row exposed to the first and second illumination lights without being reset. Further, the image processing unit (44) generates an oxygen saturation image on the basis of the first imaging signal and a second imaging signal reset and read out from the pixel row exposed only to the second illumination light.Linvention concerne un système dendoscope, un dispositif de traitement du système dendoscope, et un procédé de fonctionnement du système dendoscope, qui peuvent améliorer la luminosité et le rapport S/N dune image dobservation normale obtenue pendant un mode dobservation spéciale. Pendant le mode dobservation spéciale, une fois quune première lumière déclairage est émise, une partie dune pluralité de rangées de pixels dun élément dimagerie (39) est collectivement réinitialisée. La lumière déclairage est commutée de la première lumière déclairage à une seconde lumière déclairage et, une fois que la seconde lumière déclairage est émise, la lumière est éteinte. Pendant ce temps darrêt, une lecture de signal est réalisée séquentiellement à partir de toutes les rangées de pixels. Une unité de traitement dimage (44) génère une image dobservation normale, sur la base dun prem