An automated bioreactor system 100 for deagglomeration of an organ 5, such as a lung, includes a main chamber 15 for holding an organ and at least one reagent chamber 11 containing a liquid reagent. The reagent conduit delivers the liquid reagent to the main chamber and the perfusion conduit transfers the reagent to the engine from the reagent outlet in the main chamber. The perfusion pump 21 induces flow of the reagent. The perfusion pressure sensor 25 detects the pressure of the flow reagent. The control system 50 controls the perfusion pump to induce flow of the reagent based on the received input representing the desired pressure and the received input of the detected pressure. The control system can automatically perform all steps of the de-saturation protocol based on the sensor input. An automated waste decontamination system 30 may also be provided.기관(5), 예컨대 폐를 탈세포화하기 위한 자동화된 생물반응기 시스템(100)은 기관을 보유하기 위한 주 챔버(15) 및 액상 시약을 보유하는 적어도 하나의 시약 챔버(11)를 포함한다. 시약 도관은 액상 시약을 주 챔버로 전달하고, 관류 도관은 주 챔버 내의 시약 출구로부터 시약을 기관으로 전달한다. 관류 펌프(21)는 시약의 유동을 유도한다. 관류 압력 센서(25)는 유동 시약의 압력을 검출한다. 제어 시스템(50)은 원하는 압력을 나타내는 수신된 입력 및 검출된 압력의 수신된 입력에 기초하여 시약의 유동을 유도하도록 관류 펌프를 제어한다. 제어 시스템은 센서 입력에 기초하여 탈세포화 프로토콜의 모든 단계를 자동으로 수행할 수 있다. 자동화된 폐기물 오염제거 시스템(30)도 제공될 수 있다.