In a medical image processing apparatus, method, and program, when there are a plurality of past brain images, it is possible to select a past brain image that can accurately calculate the atrophy rate of the brain. The image acquisition unit 21 acquires a target brain image Bt which is a diagnosis target for the same subject and a plurality of past brain images Bpi whose imaging date and time are older than the target brain image Bt. The similarity calculation unit 22 calculates the similarity between each of the plurality of past brain images Bpi and the standard brain image Bs. The selection unit 23 selects a reference brain image B0 serving as a reference for calculating the amount of change in the brain from a plurality of past brain images Bpi.医用画像処理装置、方法およびプログラムにおいて、過去の脳画像が複数存在する場合に、脳の萎縮率を精度よく算出できる過去の脳画像を選択できるようにする。画像取得部２１が、同一被検体についての診断対象となる対象脳画像Ｂｔおよび対象脳画像Ｂｔよりも撮影日時が古い複数の過去脳画像Ｂｐｉを取得する。類似度算出部２２が、複数の過去脳画像Ｂｐｉのそれぞれと標準脳画像Ｂｓとの類似度を算出する。選択部２３が、複数の過去脳画像Ｂｐｉから脳の変化量算出のための基準となる基準脳画像Ｂ０を選択する。
