本发明属于应用环境微生物和农业领域,公开了噻吩磺隆水解酶基因tsmE及其应用。一种噻吩磺隆水解酶基因tsmE,其核苷酸序列为SEQ ID NO.1,全长为1194bp,G+C含量为51.09%,编码398个氨基酸,氨基酸序列为SEQ ID NO.2。本发明提供的噻吩磺隆水解酶TsmE能在1hr内完全降解100mg/L的噻吩磺隆,并将噻吩磺隆水解为无除草活性的产物噻吩磺酸;此外TsmE还能在1hr内完全降解100mg/L的除草剂高效盖草能。因此噻吩磺隆水解酶基因tsmE在构建抗噻吩磺隆的转基因作物中应用。噻吩磺隆水解酶蛋白质TsmE在降解噻吩磺隆和高效盖草能中应用。