In the capsule type medical device, it is allowed to act on the magnetic material of the magnetic field generator is incorporated in the capsule medical device, and generates a magnetic field to control the orientation and / or position, the dynamic torque estimation unit included in the controller 3 controls to balance substantially the dynamic torque for estimating the mechanical torque acting on the capsule medical device in the target position of the capsule medical device, dynamic torque estimation unit has estimated magnetic torque by the magnetic field of the magnetic field generator, the capsule It is a control method of the capsule medical device guidance system that controls the position in consideration of the gravitational force on the endoscope body.カプセル型医療装置において、磁界発生部がカプセル型医療装置に内蔵される磁性体に作用させて、位置及び/又は姿勢を制御するための磁界を発生し、制御部3が有する力学トル推定部によりカプセル型医療装置の目標姿勢におけるカプセル型医療装置に作用する力学的トルクを推定し、磁界発生部の磁界による磁気トルクが力学トルク推定部が推定した力学トルクと略つり合うように制御し、カプセル内視鏡本体に掛かる重力を考慮して姿勢を制御するカプセル型医療装置誘導システムとその制御方法である。