本发明涉及一个来自“百令”生产菌冬虫夏草中国被毛孢参与油酰辅酶A出发合成代谢亚油酰基辅酶A的Ω-6 脂肪酸-脱氢酶,编码这个酶的基因及其应用。所述Ω-6 脂肪酸-脱氢酶氨基酸序列如SEQ ID No.1所示,其编码基因核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。本发明从原理上对油酰辅酶A合成亚油酰基辅酶A的代谢途径进行了详细研究,包含本发明所提供的核苷酸序列的克隆DNA可以用来通过转导、转化、结合转移的方法转入工程菌中,通过调节亚油酰基辅酶A生物合成基因的表达,赋予宿主Ω-6 脂肪酸-脱氢酶的高表达性,为扩大亚油酸的产量提供了有效途径,具有重大应用前景。