本发明公开了一种DSF降解酶编码基因fadY及其应用。本发明从不动杆菌(Acinetobacter lactucae)菌株QL‑1中克隆得到了一种新的负责脂肪酸降解的基因‑DSF降解酶编码基因fadY,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。该编码基因fadY在寄主植物中表达后,能够显著提高寄主植物对QS信号分子DSF介导的致病菌的抗病性,能够为QS信号分子DSF的降解提供有效的生物技术手段;因此,所述编码基因fadY、编码蛋白、重组质粒或重组微生物在降解QS信号分子DSF、制备降解QS信号分子DSF的产品、防治QS信号分子DSF介导的致病菌或制备QS信号分子DSF介导的致病菌的防治产品中均具有广泛的应用前景。