一种与仔猪腹泻相关的分子标记及其检测方法和应用,它涉及动物分子遗传标记制备技术领域,本发明要解决目前鉴定的候选基因无法满足抗病育种的需要的问题。本发明的分子遗传标记,其核苷酸序列如序列表Seq ID No:1所示,检测仔猪腹泻易感/抗性的方法为:从待检测猪血液中提取基因组DNA,设计引物,进行PCR扩增,对PCR产物采用TaqI-PCR-RFLP基因型分型,即完成。它用于猪标记辅助选择育种中。本发明选择CISH作为仔猪腹泻候选基因,开展了CISH启动子区域遗传变异的筛选及影响仔猪腹泻性状的研究,以期建立新的标记辅助选择技术,并用于仔猪抗腹泻新品系(种)的育种中。