A control apparatus, an endoscope system, a processing method and a program can be provided which are capable of selecting other regions and performing predetermined processing even in the case other than the central region in the image.The endoscope system 1 is composed of an image generating section 92 for processing an image signal generated by an image pickup section 54 to generate a display image for display, a display control section 95A for superposing a plurality of selection areas selectable in response to an external operation to a display image to be output to the display device 7, and selection according to an external operation An AF control section 612 for executing predetermined processing is provided for at least one selected region selected.画像内の中央領域以外であっても、他の領域を選択して所定の処理を行うことができる制御装置、内視鏡システム、処理方法およびプログラムを提供する。内視鏡システム１は、撮像部５４が生成した画像信号を処理して表示用の表示画像を生成する画像生成部９２と、外部からの操作に応じて選択可能な複数の選択領域を表示画像に重畳して表示装置７へ出力する表示制御部９５ａと、外部からの操作に応じて選択された少なくとも１つの選択領域に対して、所定の処理を実行するＡＦ制御部６１２と、を備える。
