一种水稻稻瘟病菌基础抗性检测的SNP分子标记及其应用,可用于水稻对稻瘟病菌基础抗性的鉴定。其序列如SEQ ID No.1所示,利用本发明的引物对,以水稻基因组DNA为模板进行PCR扩增,可以得到与水稻对稻瘟病菌基础抗性基因紧密连锁的SNP分子标记,该标记在本发明中命名为SNPprim1。通过PCR扩增分析可以明确该标记的有无可以判断水稻对稻瘟病菌基础抗性的有无,能够用于水稻对稻瘟病菌基础抗性有无的检测。该SNP分子标记带型简单、分布较密等特点具有SSR不可比拟的优势,能快速精确检测亚种内品种间的多态性,具有广阔的应用前景。本发明的分子标记能够克服环境条件的影响,提高鉴定的准确性和效率。