本发明属于植物生物技术领域,具体公开了一种水稻稻瘟病抗性基因Pik的分子标记和应用,所述分子标记由一对外引物Pik-O-F、Pik-O-R和一对内引物Pik-T-F、Pik-C-R组成,引物序列如SEQ ID NO:1~4所示;利用该标记鉴定水稻稻瘟病抗性基因Pik基因型,不需要经过测序,仅仅通过简单的PCR即可对水稻稻瘟病抗性基因进行基因分型,区分抗稻瘟病菌水稻品种和感病品种,实现了对水稻稻瘟病的分子标记辅助选择,本发明所述分子标记可提高Pik基因的检测效率,适合用于水稻改良分离群体的分子标记辅助选择,提高育种效率,满足大规模分子育种的需求。