本发明“黄瓜黑色果刺基因B连锁的SSR标记引物及其应用”,涉及生物技术辅助育种领域。黄瓜黑色果刺基因B紧密连锁的SSR标记引物,其特征在于:SSR07209-F/SSR07209-R:CTGTCTGCAGAGCCATCTGA/CCATCAAGTTGAGGAGCAAA;所述SSR标记引物扩增的与黄瓜白色果刺基因b连锁的特征条带为192bp,核苷酸序列如Seq IDNo.1;所述SSR标记引物扩增的与黄瓜黑色果刺基因B连锁的特征条带为178bp,核苷酸序列如和Seq ID No.2所示;采用本发明获得的SSR标记,可以在黄瓜候选材料的任何阶段对其进行嫩果黑色果刺材料的剔除,具有高效、限制少的优点,为选育白色果刺黄瓜提高了效率,缩短了育种周期。