本发明“黄瓜黄色果肉基因yf连锁的Indel标记及其应用”,涉及生物技术辅助育种领域。黄瓜黄色果肉基因yf紧密连锁的Indel标记引物,其特征在于:yfIndel39‑F/yfIndel39‑R:CATCTGCATTCTACGTGTTG/AATCGTGTTGCTACTTAGCTG;所述Indel标记扩增的与黄瓜白绿色果肉基因YF连锁的特征条带为132bp,核苷酸序列如Seq ID No.1;所述Indel标记扩增的与黄瓜黄色果肉基因yf连锁的特征条带为137bp,核苷酸序列如Seq ID No.2所示;采用本发明获得的Indel标记,可以在黄瓜候选材料的任何阶段对其进行果肉是否为黄色的判断,具有高效、限制少的优点,为选育黄色果肉黄瓜提高了效率,缩短了育种周期。