To provide an endoscope system capable of supporting shooting of an image defined by a guideline and a method of operating the same.SOLUTION: In order to obtain a reference equivalent image corresponding to a predetermined reference image for each inspection region, an inspection region is imaged to acquire an inspection image. The reference image selection unit selects the reference image corresponding to the inspection image from the reference image storage unit that stores the reference image. On the monitor, the reference image selected by the reference image selection unit is displayed and the inspection image is displayed.(FIG.【課題】ガイドラインで定められた画像の撮影を支援することができる内視鏡システム及びその作動方法を提供する。【解決手段】検査領域毎に予め定められた基準画像に相当する基準相当画像を得るために検査領域を撮像して検査画像を取得する。基準画像選択部が、基準画像を記憶する基準画像記憶部から、検査画像に対応する基準画像を選択する。モニタにおいて、基準画像選択部で選択された基準画像を表示するとともに、検査画像を表示する。【選択図】図18