本发明涉及控制黄瓜无卷须性状的基因Csa5G644520,以及一种与黄瓜卷须性状相关的SNP标记及其应用,所述SNP标记位于如Seq ID No.2所示的黄瓜Csa5G644520基因第1012bp处,此处碱基为T的黄瓜表现为无卷须性状,而此处碱基为A的黄瓜表现为有卷须性状。本发明利用稀有SNP的方法和图位克隆等方法寻找到控制黄瓜无卷须性状的基因Csa5G644520以及与黄瓜卷须性状相关的SNP标记。通过衍生的酶切扩增多态性序列(dCAPS)的方法检测待测黄瓜的基因型,根据基因型即可判断黄瓜植株是否有卷须,从而加快无卷须黄瓜的育种进程。