本发明公开了一种奶山羊泌乳相关miR-196a基因的单核苷酸多态性的检测方法及其应用,其基因单核苷酸多态性包括:在如SEQ ID No.1所示的奶山羊miR-196a基因序列中,其第340位为C或T的单核苷酸多态性。RFLP多态性与泌乳量关联分析证实:HinfI多态位点与泌乳量之间有显著相关,基因型为CT的第二胎和第三胎泌乳量显著高于基因型为CC和TT个体的,此外TT个体的体高显著高于基因型CC和CT个体的。本发明提供的检测方法可以用于西农萨能奶山羊泌乳性状的标记辅助选择(MAS),快速建立遗传资源优良的奶山羊种群。