本发明公开了一种抑制鸭MSTN基因表达的shRNA序列及其应用,所述shRNA序列选自下列核苷酸序列中的一种:(1)如SEQ ID NO.1-2所示的DNA序列;(2)如SEQ ID NO.3-4所示的DNA序列;(3)如SEQ ID NO.5-6所示的DNA序列。所述shRNA序列用于促进鸭成肌细胞的增殖。本发明首次报道了抑制鸭MSTN基因表达的shRNA序列。上述三种抑制鸭MSTN基因表达的shRNA序列均可明显抑制鸭成肌细胞中MSTN基因在mRNA水平的表达,并且,通过抑制鸭成肌细胞中MSTN的表达促进了鸭成肌细胞的增殖,上调生肌调节因子Myf5基因的表达,下调生肌调节因子MyoD1基因的表达。本发明的鸭MSTN基因的三种shRNA序列均能有效抑制鸭成肌细胞中MSTN基因的表达,在基因水平的抑制效率分别达到了61.6%、79.1%和76.9%。