The present invention relates to a personalized brain disease diagnosis and condition determination method capable of acquiring images using noninvasive magnetic resonance imaging and performing a complex image analysis of brain tissue and cerebral blood vessels to predict current brain conditions, (3D) T1 structured image (2D T1 weighted image), 2D T2 FLAIR (2D T2 fluid attenuated inversion recovery) image, and MRA (Phase-contrast Flow) image for acquiring the MRI (Magnetic Resonance Angiogram) image and the blood flow state in the blood vessel by selecting a disease to be diagnosed, A complex image analysis unit for performing brain tissue and cerebrovascular analysis; machine learning using a Korean data DB for each age group; In brain state, and individual diagnosis result output section for outputting a disease-specific risk, onset possibility, the condition forecasts; intended to include.본 발명은 비침습적 자기공명영상을 이용하여 영상을 획득하고 뇌조직과 뇌혈관의 복합적 영상 분석을 하여 현재 뇌의 상태와 질병별 위험도, 질병의 예측이 가능하도록 한 개인 맞춤형 뇌질병 진단 및 상태 판정을 위한 의료 영상 처리 시스템 및 방법에 관한 것으로, 3차원 T1 구조 영상(3D T1 Weighted Image), 2차원 T2 FLAIR(2D T2 fluid attenuated inversion recovery) 영상, 뇌혈관 이상을 확인하기 위해 혈관만을 영상화하는 MRA(Magnetic Resonance Angiogram) 영상 및 혈관에 흐르는 혈류의 상태를 파악하기 위한 4차원 위상 대조도 흐름(Phase-contrast Flow) 영상을 획득하는 영상 처리부;진단 대상 질병을 선택하고 그에 따른 뇌 영역을 설정하여 뇌조직(brain tissue), 뇌혈관(vessel) 분석을 수행하는 복합 영상 분석부;연령대별 한국인 데이터 DB를 활용하여 기계학습(machine learning) 알고리즘으로 뇌상태, 질병별 위험도, 발병 가능성, 질병 예측 결과를 출력하는 개인별 진단 및 결과 출력부;를 포함하는 것이다.