Methods and compositions for controlling gene expression are disclosed.유전자 발현을 조절하는 방법 및 조성물이 개시되어 있다. 본 발명에 따라, 관심있는 유전자의 발현을 조절하는 조성물 및 방법이 제공된다. 구체적으로, DNA 결합 도메인 및 루핑(looping) 인자를 포함하는 폴리펩티드를 코딩하는 핵산 분자가 제공된다. DNA 결합 도메인과 루핑 인자는 공유결합 또는 아미노산 연결제를 통해 연결될 수 있다. 특정 실시양태에서, DNA 결합 도메인은 징크 핑거(zinc finger) 폴리펩티드 또는 전사 활성화제-유사 이펙터(effector) 폴리펩티드를 포함한다. DNA 결합 도메인은 관심있는 유전자의 프로모터 내의 표적 서열에 특이적으로 결합하여 그의 발현을 조절하도록 디자인될 수 있다.