本发明提供了与芝麻黑色种皮基因紧密连锁的SSR分子标记及应用。一个与芝麻黑色种皮基因SiPPO紧密连锁的SSR分子标记,命名为ZMM4056,核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。SSR分子标记ZMM4056引物,引物序列为:ZMM4056F:5’‑GCAGAAGGGTCAATATCGGA‑3’ZMM4056R:5’‑ATCCAAACCCCAGAAAATCC‑3’。另一个芝麻黑色种皮基因SiPPO紧密连锁的SSR分子标记,命名为ZMM4067,核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。SSR分子标记ZMM4067引物,引物序列为:ZMM4067F:5’‑GCTTAAACTTGGTTGTCGGG‑3’ZMM4067R:5’‑AAACCCTATCATTTCTTTGCCA‑3’自然群体验证表明这两个分子标记ZZM4056和ZZM6067可以有效筛选出黑芝麻和白芝麻,应用于黑芝麻分子标记辅助选择育种。