本发明属于分子遗传育种技术领域,具体涉及一种与芝麻籽粒种皮色基因紧密连锁的SNP分子标记SiSCC2385。该标记在芝麻SNP遗传图谱中位于第9连锁群,195.48-197.79cM,对种皮色的解释率为87.5%~90%(Vg/Vp),该标记包含103bp,其序列如SEQ ID No.1所示。本发明针对芝麻育种技术进行创新,与目前应用的常规育种技术方法相比,检测方法简单高效,结果可靠;所提供分子标记SiSCC2385,用于芝麻分子辅助育种时可以显著提高育种效率,节约科研成本和时间,并为完善芝麻分子育种技术平台奠定坚实基础。